Немало сказаний сложили кочевники о горе Богдо и пещерах, разбросанных на берегу Баскунчакского озера. В одной из киргизских легенд рассказывается, что в пещерах жили святые люди, которые питались солью Баскунчакского озера, а воду для питья приносили из Волги.

«Киргизы верят,— писал известный исследователь прошлого века профессор Г. П. Федченко,— что из этих пещер существовал подземный ход на Волгу, они уверяют, что еще недавно, когда близ озера жили каракалпаки, лошади, кормясь подножным кормом, попадали в ямы и через несколько дней всплывали на берегу Волги».

Киргизам приписывается и другое название озера Баскунчак — «Проклятое», которым они будто называли его много столетий назад. «Однажды,— говорится в этом сказании,— в жаркий летний полдень по степи, позванивая бубенцами, медленно двигался караван верблюдов. Напрягая последние силы, погонщики стремились добраться к подножию горы Богдо. Они знали, что там должно быть большое озеро. Путники предвкушали отдых и свежую воду.

Вот на горизонте заблестела голубая полоска озера. Погонщики и верблюды прибавили шагу. Вода уже близко, скоро можно будет утолить жажду. Но когда караван достиг наконец желанного берега и люди прильнули к воде пересохшими губами, наступило жестокое разочарование: вода в озере оказалась соленой. Заплакали женщины и дети. Мужчины в бессильной злобе сжимали кулаки. К озеру простер правую руку старец с большой седой бородой, самый уважаемый человек из этого каравана. «Будь проклято это озеро! Пусть будут заброшены его берега и да будет проклята соль в его воде»,— сказал он.

Баскунчак очень мелководное озеро. Его максимальная глубина даже в январе не превышает 35 сантиметров. Весной рапа испаряется значительно быстрее, чем поступают новые порции воды из балок и речек, впадающих в озеро. Летом оно почти полностью пересыхает, и вся поверхность озера покрывается толстым слоем белоснежной соли, которая ослепительно блестит в лучах солнца. Весной же и поздней осенью, особенно после обильных дождей, озеро покрыто неглубоким слоем рапы.

Геологическое строение озера Баскунчак детально изучено русскими  учеными. Их исследования показали, что берега озера сложены главным образом различными осадочными породами. Наиболее древние отложения, встречающиеся в окрестностях озера, красно-бурые пески и глины, известняки и гипсы пермского возраста.

Характер пород, из которых сложены берега озера и окрестные холмы, гора Богдо и сама степь указывают на то, что много миллионов лет назад вся эта местность неоднократно покрывалась морем. Почти 240 миллионов лет назад, когда древнее Пермское море занимало большую часть европейской части, здесь простирался большой залив.

Котловина Баскунчака заполнена мощными пластами соли, между которыми залегают два слоя пластической глины. Один из них примерно на глубине 6,4—8,5 метра имеет толщину до 10—13 метров. Возраст верхнего пласта, отложившегося в самую последнюю геологическую эпоху, равен 900—950 годам, нижнему же пласту—самой мощной соляной толще — от роду много миллионов лет.

Баскунчакский соляной массив покрыт сверху рыхлым слоем соли-новосадки. Под ней находится довольно толстый слой так называемой корневой соли. Кристаллы этой соли загрязнены примесями песка и глины и несут на себе следы процесса растворения: слой корневой соли, ноздреватый и пористый, следующий, все уплотняющийся книзу, называют чугункой или железняком. В этом слое прочно сцементированы кристаллы соли различной крупности и цвета. Разрез чугунки напоминает слоеный пирог — темные слои перемежаются со светлыми.

Под чугункой залегает крупнокристаллическая соль, называемая гранаткой (раньше ее именовали глазками). Кристаллы ее плохо сцементированы друг с другом, и пустоты между ними заполнены илом. Гранатка бывает мелкой и крупной, кристаллы ее — серые, розовые, голубые.